Grazie ad alcune fonti documentarie (soprattutto testamenti, lasciti, inventari, ecc.) e alla legislazione della Sardegna medioevale possediamo notizie sull'esistenza di medici e chirurghi operanti nella nostra isola, mentre non abbiamo sufficienti notizie per affermare l'esistenza di Scuole di Medicina. Sappiamo comunque che nel XVI secolo il Comune di Sassari stipendiava un medico perché desse, nella sua abitazione, lezioni private di medicina.
Nel 1558, sempre la muncipalità sassarese, pagava un docente perché impartisse lezioni di anatomia ed eseguisse, almeno una volta l'anno, l'autopsia di un cadavere. In quel periodo i giovani sardi desiderosi di intraprendere la professione medica erano obbligati a recarsi nelle Università italiane (soprattutto a Pisa) o in quelle spagnole.

Diversa era invece la strada da percorrere per chi desiderasse diventare chirurgo. In questo caso il giovane si doveva "incartare" (doveva cioè stipulare una sorta di contratto scritto) con un "maestro chirurgo" per un periodo di cinque anni durante i quali serviva nella casa del maestro e apprendeva il lavoro direttamente nella bottega. Al termine del periodo di apprendistato il giovane, per potere esercitare la professione, veniva esaminato da una apposita commissione.
Come si vede la situazione degli studi medici e chirurgici era assai precarie, sicché accanto ai chirurghi regolarmente abilitati, esercitava una vasta schiera di ciarlatani e mestieranti. Anche i barbieri, secondo la legislazione dell'epoca, potevano esercitare la bassa chirurgia (fasciature, medicazioni esterne, salassi, estrazioni dentarie, ecc.) e talora fungere, come i medici e i chirurghi, da perito giudiziario nei casi di ferite sospette, avvelenamento, morte violenta, ecc.

Più volte si era tentato di porre rimedio a questa situazione estremamente pericolosa per la salute pubblica subordinando, per esempio, l'operato dei barbieri-chirurghi e dei chirurghi all'opera dei medici. Un passo avanti si ebbe con l'istituzione del protomedicato (1455), la massima autorità in campo sanitario. Al Protomedico, residente a Cagliari, spettava il compito di esaminare i futuri chirurghi e farmacisti e quindi di abilitarli alla professione. Un ulteriore miglioramento si ebbe con l'istituzione della "Confraternita dei Santi Cosma e Damiano" (1631), vera e propria associazione dei medici e dei chirurghi. Lo Statuto dell'associazione imponeva ai giovani che desiderassero diventare chirurghi, che non potevano più essere analfabeti, di prestare servizio presso un chirurgo regolarmente abilitato per un periodo di cinque anni. Al termine dell' "incarto" i neo chirughi dovevano seguire per altri tre anni le lezioni di anatomia e chirurgia nell'Università cittadina. Inoltre, nessun chirurgo poteva aprire bottega senza avere la patente dell'esame sottoscritta dal Maggiorale (il chirurgo capo) dell'associazione.

Ma solo con l'istituzione della Facoltà di Medicina e della Scuola di Chirurgia si ottenne un decisivo miglioramento nella preparazione teorico-pratica dei medici e soprattutto dei chirurghi. A Cagliari la Facoltà di Medicina cominciò a funzionare, più o meno regolarmente, intorno al 1626, anno in cui fu inaugurata ufficialmente l'Università degli Studi cittadina. Nel 1678 una nuova norma impose ai medici laureati il divieto di esercitare la professione se non avessero fatto due anni di praticantato negli ospedali o tre anni presso lo studio di un medico anziano. Di fatto durante la dominazione spagnola gli studi medico-chirurgici (e la stessa Università) non godettero mai di molta salute. Solo con il passaggio della Sardegna ai Savoia (1720) si incominciò a mettere ordine nel caos dell'istruzione medica e chirurgica. Il XVIII secolo rappresentò per la chirurgia europea e degli stati italiani un secolo di riabilitazione professionale e sociale e di profondo rinnovamento scientifico.

In Sardegna, soprattutto nelle campagne, persistevano e persisteranno fino a tutto il XIX secolo forme molto radicate di rifiuto verso la professione della chirurgia considerata poco onorevole e riservata a persone di basso rango. Nel 1759 il Vicerè di Sardegna conte Tana emanò un pregone (così allora venivano chiamati gli editti pubblici) col quale istituiva la cattedra di chirurgia affidata al professore torinese Michele Plazza. Spettava al professore di chirurgia dettare le lezioni in lingua italiana (e non più, com'era in uso fino ad allora, in spagnolo) e di seguire personalmente le esercitazioni di chirurgia e di anatomia. Il governo piemontese decise inoltre di debellare definitivamente il fenomeno dell'abusivismo professionale della chirurgia.
Sempre il vicerè Tana emanò, nel 1761, un pregone col quale venivano stabilite regole più rigide per l'esercizio delle professioni di chirurgo, flebotomo (chi eseguiva i salassi) e ostetrica. Si stabilì, per esempio, che ove esercitasse un chirurgo abilitato non potesse operare alcun flebotomo.

Una data importante per l'Università cagliaritana e per la Facoltà di Medicina e la Scuola di Chirurgia fu il 1764 anno in cui furono emanate le "Costituzioni di Sua Maestà per l'Università degli Studi di Cagliari" che assegnarono alla Facoltà di Medicina quattro cattedre: anatomia, medicina teorico-pratica, istituzioni mediche e materia medica. Alla Scuola di Chirurgia, che durava due anni, vennero invece assegnate due cattedre: istituzioni anatomo-chirurgiche e chirurgia. Nel 1822 la Scuola chirurgica divenne, per volontà di Carlo Felice, Facoltà di Chirurgia. Sempre nello stesso anno si aggiunsero due nuove cattedre: quella di clinica medica (Facoltà di Medicina) e quella di Clinica Chirurgica (Facoltà di Chirurgia). Nel 1852 le Facoltà di Medicina e Chirurgia erano ancora separate.

Finalmente, nel 1857, si unificarono le due Facoltà: nascevacosì la Facoltà di Medicina e Chirurgia. Gli insegnamenti, distribuiti in sei anni di corso, erano:

I ANNO chimica, storia naturale, anatomia;
II ANNO chimica, anatomia, fisiologia, istituzioni medico-chirurgiche;
III ANNO anatomia, farmacia teorico-pratica, materia medica, medicina teorico-pratica, chirurgia teorico-pratica, clinica medica;
IV ANNO stessi insegnamenti del III anno con in più la clinica chirurgica;
V-VI ANNO medicina teorico-pratica, chirurgia teorico-pratica, clinica medica, clinica chirurgica, operazioni chirurgiche e ostericia, tossicologia, igiene e polizia medica o medicina legale.